Vattenbaserade glidmedel är vattenlösliga. Generell brukar vattenbaserade glidmedel vara de glidmedel som är minst irriterade för kroppen. De första vattenbaserade glidmedel vara lösningar av cellulosa eller glycerin. Utvecklingen av glidmedel innebar bland annat att man lade till ämnen för bättre spridning, behållning av vatten och resistans mot orenheter.
Viskositeten hos vattenbaserade glidmedel kan bestämmas genom att justera mängden vatten och cellulosa, eller andra ämnen som kan ge glidmedlet dess gelaktiga konsistens. Vattenbaserade glidmedel har en tendens att torka ut under användning men dess konsistens kan oftast återställas om man tillsätter vatten. Detta betyder alltså att om ditt vattenbaserade glidmedel börjar kännas torrare under t.ex. samlag så räcker det att tillsätta vatten, t.ex. saliv, istället för att tillsätta mer ”färskt” glidmedel. I många fall sker denna återfuktning av vattenbaserade glidmedel automatiskt genom andra kroppsvätskor. Just denna egenskap har gjort att vattenbaserat glidmedel ofta föredras vid sexuella aktiviteter.
Sedan 1980 har några tillverkare av glidmedel tillsatt silikon i det vattenbaserade glidmedlet för att öka glidbarheten. Trots att sådana glidmedel innehåller silikon är de fortfarande vattenbaserade, något som ofta efterfrågas vid köp av t.ex. sexleksaker. Vattenbaserade glidmedel med silikon har en större glidverkan, vilket faktiskt kan vara negativt då viss friktion är nödvändigt för den sexuella upplevelsen. Deras viskositet kan inte justeras och de kan dessutom fläcka ner kläder och andra tyger.
Generellt brukar vattenbaserade glidmedel vara opraktiska att använda i samband med aktiviteter i vattnet. Glidmedlet löses helt enkelt upp då det självt är vattenlösligt. Det finns dock vattenlösliga glidmedel som ska fungera i vatten. Huruvida det stämmer eller är bara säljprat är en annan fråga.